Религиозность «Каменной Стены» была общеизвестна.
Генерал Роберт Ли однажды написал про Джексона, что тот «живет по Новому Завету, а сражается – по Ветхому».

Томас Джексон был прихожанином Второй Пресвитерианской Церкви доктора Моисея Ходжа в Ричмонде. Но как только доктор Ходж начинал свою проповедь, Джексон немедленно засыпал. После войны возникло предложение повесить на церковь мемориальную плиту с надписью: «Здесь спал «Каменная стена» Джексон».

Новость о победе в первом сражении при Булл-Ране быстро распространилась по ликующему Югу. Но известия были очень противоречивы и все ждали сообщений из надёжных источников. Наутро после сражения пресвитер церкви, которую посещал Джексон, получил от него письмо. Он распечатал его перед возбужденной толпой, жаждавшей правды о сражении, и прочитал следующее: «Мой дорогой пастырь, вчера, отдыхая в своей палатке после утомительного дня, я вспомнил, что просрочил свой взнос на Вашу воскресную школу для цветных. Примите приложенный к письму чек, и распорядитесь им, как сочтёте нужным. Искренне Ваш, Т. Дж. Джексон».

29 августа 1862 года отряды Джексона «Каменной стены» продолжали удерживать хребет Стоуни и после шести шквальных атак северян на их позиции. Той же ночью друг Джексона сказал ему:
- Мы выиграли это сражение, благодаря тому, что хорошо сражались.
На что Джексон ответил:
- Нет, нет, мы выиграли его благословением Всемогущего Бога!

Генерал-лейтенант Ричард Юэлл наблюдал как наутро после одной из своих грандиозных побед «Каменная стена» Джексон стоял на коленях перед своей палаткой и молился. Комментируя большую веру и военный талант стоящего перед ним, Юэлл сказал:
- Если дело в его религии, то я должен принять её.

При обсуждении планов на грядущее сражение одной из кампаний, один офицер сказал Джексону, что планирует молиться. Джексон согласился, что молитва – хорошее дело, добавив:
- Но, полковник, не забудьте и о муштровке.

«Каменная стена» Джексон настолько почитал воскресенье как церковный праздник, что даже не отдавал в этот день никаких распоряжений. Рассказывают, что однажды он отказался от партии пороха только потому, что ответ на предложение надо было дать в воскресенье.

Обычно Джексон сохранял мрачное выражение лица, и рассмешить его было очень трудно. Но однажды майор Уэлс Хоукс рассказал историю, заставившую «Каменную стену» расхохотаться от души:
Встречаются два переселенца. Один из них несёт на плече ружьё. Безоружный спрашивает:
- Куда это Вы направились?
- В лес.
- Я всегда думал, что Вы – кальвинист.
- Да, я – кальвинист.
- Разве Вы не верите в то, что не умрёте до тех пор, пока не придёт Ваше время?
- Да, я верю, что не умру до тех пор, пока не придёт моё время.
- Зачем же тогда Вам ружьё?
- Мне может встретиться индеец, чьё время пришло.

Эта история распространилась среди солдат Джексона после его смерти:
На землю прибыли два ангела, чтобы отвезти «Каменную стену» в рай. Они искали его по всему лагерю, но не смогли найти. Они посетили все места, где бы он мог быть, но всё напрасно. Тогда они решили вернуться на небеса, и вдруг впереди себя увидели Джексона, который построил души своих погибших солдат в стройную колонну и маршировал с ними в рай.