20-го января 1804 года Резанов пишет из Бразилии графу Румянцеву: "мы ожидаем теперь благоприятного ветра, но когда дойдем, донести не могу по неповиновению г. Крузенштерна, не говорящего со мною ни слова о его плавании. Не знаю, как удается мне совершить миссию, но смею вас уверить, что дурачества его не истощат моего терпения, и я решил все вынести, чтобы только достигнуть успеха".

Ожидаемый благоприятный ветер наконец появился, и утром 23-го января экспедиция оста вила бразильские берега после слишком шестинедельной стоянки, вызванной, как уже сказано выше, необходимостью починки обоих кораблей. С острова Св. Екатерины, согласно инструкции, направили курс к югу и, минуя проливы Магеллана и Лемера, обогнули мыс Горн, дойдя до 60 ° южной широты, и затем поднялись к северо-западу по направлению к островам Маркизским. Переход этот был весьма продолжителен и крайне тяжелый: сильнейшие штормы, свирепствовавшие в этих водах, причинили судам значительные повреждения и разлучили на время оба корабля. Пройдя мыс Горн, на Надежде стала показываться течь, вследствие чего, желая избегнуть опасности, Крузенштерн предложил сократить путь и от Сандвичевых островов, не заходя в Японию, идти кратчайшим путем к Камчатке, где произвести необходимые починки и выгрузить часть компанейских товаров. Посланник "охотно согласился последовать благоразумному совету опытного морского офицера", ввиду столь серьезных соображений и решил отсрочить посольство, намереваясь идти в Нагасаки из Петропавловска.

Апреля 25-го 1804 года прибыли к островам Маркизским и стали на якоре у острова Нукагива, куда через два дня благополучно прибыла Нева. Во время пребывания на этих островах и произошел тот невероятный инцидент, который Резанов называет "прискорбным происшествием на островах Мендозиных" и который является открытым бунтом офицеров, с командирами во главе, против начальника экспедиции — Резанова.

Когда, по прибытии в Нукагиву, по приказанию Крузенштерна, лейтенанту Ромбергу и доктору Эспенбергу поручено было выменивать у диких жизненные припасы на разные вещи, то посланник, желая приобрести для императорской кунсткамеры этнографическую коллекцию, также приказал приказчикам компании приобретать у туземцев, посредством обмена, разные предметы их обихода. Сначала обратился он к командиру Надежды и просил его содействия; тот обещал, но когда после обмена железа на кокосы и хлебные плоды стали приобретать у диких разные для европейцев редкости, то приказчиков компании не только к обмену не допускали, но даже отобрали у них все то, что они приобрели на берегу по поручению посольства. Вот что говорит по этому поводу сам Резанов: "чувствуя таковые наглости, увидя на другой день на шканцах Крузенштерна, что было мая 2-го числа, сказал я ему: не стыдно ли вам так ребячиться и утешаться тем, что не давать мне способов к исполнению на меня возложенного? — Вдруг закричал он на меня: "Как вы смели мне сказать, что я ребячусь!".—"Так-то, сударь мой, —сказал я,—весьма смею, как начальник ваш", — "Вы начальник! Может ли это быть? Знаете ли, что я поступлю с вами, как не ожидаете?". "Нет, отвечал я, не знаю; не думаете ли вы меня на баке держать, как Курляндцева? Матросы вас не послушают, и я сказываю вам, что если коснетесь только меня, то чинов лишены будете. Вы забыли законы и уважение, которым вы и одному чину моему уже обязаны". Потом удалился я в свою каюту. Немного спустя вбежал ко мне капитан, как бешеный, крича: "Как вы смели сказать, что я ребячусь, знаете ли вы, что есть шканцы? увидите, что я с вами сделаю". Видя буйство его, позвал я к себе надворного советника Фосса, титулярного советника Брыкина и академика Курляндцева, приказав им быть в каюте и защитить меня от дальнейших наглостей, кои мне были обещаны. Потом капитан ездил на Неву вскоре возвратился, крича: "Вот я его проучу". Спустя несколько времени приехали с Невы капитан-лейтенант Лисянский и мичман Берг, созвали экипаж, объявили, что я самозванец, и многие делали мне оскорбления, которые, наконец, при изнуренных силах, повергли меня без чувств. Вдруг положено вытащить меня на шканцы к суду. Гвардии подпоручик граф Толстой бросился было ко мне, но его схватили и послали лейтенанта Ромберга, который, пришед ко мне, сказал: "Извольте идти на шканцы, офицеры обоих кораблей вас ожидают". Измученный, лежа почти без чувств. Резанов отказался следовать за ним. В это время снова вбежал к нему Крузенштерн и с криком требовал прочтения инструкции, говоря, что оба корабля находятся в неизвестности о начальстве и что он "не знает, что делать". Тогда, чтобы покончить со всем этим, посланник решил выйти наверх с, высочайшими повелениями. Когда прочел он высочайший рескрипт и повеления, поручавшие ему начальство, услышал он хохот и вопросы: "Кто подписал?" Резанов отвечал: "Государь наш Александр". — "Да кто писал?" — "Не знаю", — возразил посол. — "То-то", — кричал Лисянский, — мы хотим знать,  кто писал". Пораженный такими речами, посланник стоял ошеломленный, а между тем снова продолжались шум и крики, и офицеры (кроме лейтенанта Головачева) подходили к посланнику, говоря: "Ступайте, ступайте с вашими указами, нет у нас начальника кроме Крузенштерна". А лейтенант Ратманов, ругаясь, говорил: "еще он прокурор, а не знает законов; что где объявляют указы" и, ругая, кричал: "его, скота, заколотить в каюту”. Истерзанный, истомленный всеми этими выходками, Резанов удалился в свою каюту, которую и не покидал до самого прихода в Петропавловск. Перенося ужасный тропический зной, страдая от духоты, решился он лишить себя воздуха, чтобы только иметь спокойствие и уединение. Результатом всего этого явился полный упадок сил и сильнейшая нервная болезнь, во время которой судовой врач ни разу не посетил больного, хотя на корабле все знали, что посланник сильно занемог.

На девятый день стоянки вышли из Нукагивы и, придя к группе Сандвичевой, стали на якорь у острова Овайхи. Здесь суда разделились: Нева взяла курс прямо на север к острову Кадьяку, а Надежда направилась к Камчатке и 4-го июля 1804 года прибыла в Петропавловск.

Посланник тотчас съехал на берег и поместился в доме командира Петропавловского порта. Несмотря на свою энергию и желание выполнить возложенную на него миссию, он решился не ехать в Японию, так как невозможное его положение на корабле и личные отношения с Крузенштерном заставляли его опасаться новых выходок со стороны последнего, а в Японии это могло бы привести к весьма печальным последствиям. Он решил поэтому прежде всего написать обо всех происшествиях лично государю. С этой целью, на другой же день по прибытии в Петропавловск, он послал с эстафетою письмо к ближайшему представителю административной власти в Камчатке, генерал-майору Кошелеву, бывшему в то время комендантом в г. Нижне-Камчатске.

Вот, что писал ему Резанов:

"Имею я крайнюю нужду видеться с вашим превосходительством и по высочайше вверенным мне от государя императора поручениям получить нужное от вас, как начальника края, пособие. У меня на корабле взбунтовались в пути морские офицеры. Вы не можете себе представить, сколь много я вытерпел огорчения и насилу мог с буйными умами дойти до отечества. Сколь ни прискорбно мне, соверша столь многотрудный путь, остановить экспедицию, но при всем моем усердии не могу я исполнить японского посольства и особливо, когда одни наглости офицеров могут произвести неудачу и расстроить навсегда государственные виды. Я решил отправиться к государю и ожидаю только вас, чтобы сдать, как начальствующему краем, всю вверенную мне экспедицию".

Тем временем стали выгружать компанейские товары, при чем Резанов распорядился о безденежном снабжении продуктами местный батальон, госпиталь и некоторых беднейших жителей. Во все это время неприязненные отношения Крузенштерна к посланнику, по-видимому, продолжались: так, при выгрузке товаров Русско-Американской Компании командир Надежды, запретил матросам переносить товары даже за деньги.

В августе генерал-майор Кошелев прибыл в Петропавловск в сопровождении военной команды и по просьбе посланника приступил к формальному следствию, которое продолжалось около недели. Пригласив к себе командира и офицеров, Кошелев допрашивал их в присутствии Резанова, записывая все показания. Видя, что дело принимает неблагоприятный для него оборот и что Кошелев собирается через сибирского генерал-губернатора Селифонтова возбудить дело об отрешении его от командования судном, Крузенштерн решился принести повинную и лично просил Кошелева покончить это дело миром, изъявив полную готовность принести посланнику публичное извинение. Примирение произошло 8-го августа в квартире посланника, куда Крузенштерн явился вместе с офицерами в полной парадной форме. В тот же день Резанов написал генералу Кошелеву следующее письмо:

"Милостивый государь мой, Павел Иванович. Хотя и препроводил я к вашему превосходительству при отношении моем о неприятных со мною в пути происшествиях записку с тем, чтобы вы, милостивый государь мой, справедливость оной через всех чиновников и экипаж корабля Надежда исследовав, донесли Его Императорскому Величеству, но как раскаяние господ офицеров, в присутствии вашем принесенное, может быть мне вперед порукою в повиновении их, а польза отечеству, на которую посвятил я уже жизнь мою, ставит меня выше всех личных мне оскорблений, лишь бы только  успел я достичь моей цели, то весьма охотно все случившееся предаю забвенью и покорнейше прошу вас оставить бумагу мою без действия; о каковом согласии всея вверенные мне экспедиции всеподданнейше донесу Его Императорскому Величеству".

Из Петропавловска Резанов отправил два всеподданнейших рапорта государю императору (от 16 и 17 августа), в которых  описывал путь экспедиции от Бразилии до Камчатки. В последнем донесении своем он, между прочим, упоминает о новом спутнике, захваченном ими случайно на острове Нукагива. Это был француз, по имени Жозеф Кабре, родом из Бордо, попавший вместе с англичанином Робертсом в плен к диким." На Нукагиве они пробыли много лет и под конец совершенно одичали. Оба были татуированы подобно нукагивцам и женаты на дочерях местного владетеля. На кораблях наших офицеры • и матросы их приласкали и вскоре узнали от них всю историю их плена и жизни среди островитян. Они оказались очень полезными нашим морякам в качестве переводчиков и посредников при переговорах и меновой торговле с дикарями. В день отплытия экспедиции из Нукагины, француз Кабре, находившийся на Надежде, замешкался на корабле и не успел вовремя сойти на берег. В это время внезапно поднялся сильный ветер, принудивший Надежду сняться с якоря и немедленно выйти в открытое морс. "Сей одичавший европеец, — пишет Резанов, — был неутешен, разлучаясь с своим семейством: он даже хотел пуститься в море на доске, но множество реконов (акул?) остановили смелость его. Итак, против чаяния, сей бордосский уроженец умножил собой число наших спутников. Здесь, в Камчатке, полюбил он генерала Кошелева и захотел остаться. Доставя Камчатке нового гражданина, долгом себе поставляю донести Вашему Императорскому Величеству".

Во время стоянки Надежды в Петропавловске заболел один из членов экспедиции, академик Курляндцев (художник экспедиции), и настолько серьезно, что его пришлось отправить обратно в Россию сухим путем через Сибирь. Для ухода за больным и сопровождения его в пути, при нем оставлен кандидат медицины Брыкин, которого тоже списали с Надежды. Наконец, в Петропавловске же, высажен был "еnfаnt tеrriblе" экспедиции, подпоручик граф Толстой, "дурачества "которого и здесь, по-видимому, не прекращались. Выведенный из терпения его поведением, Резанов решился оставить его в Камчатке и отправить отсюда в Петербург для сдачи на руки "по начальству".

В письме своем к генерал-губернатору Селифонтову от 18-го августа Резанов, между прочим, говорит: "Я возвращаю также лейб-гвардии Преображенского полка подпоручика графа Толстого, раздоры во всей экспедиции посеявшего, и всепокорнейше прошу ваше превосходительство, когда прибудет он в Иркутск, то принять начальничьи меры ваши, чтобы он не проживал в Москве и действительно к полку явился. Я доносил уже из Бразилии Его Императорскому Величеству о его шалостях и что исключил я его из миссии, а ныне повторил в донесении моем".

На место графа Толстого взят был в число кавалеров посольства брат нижне-камчатского коменданта, поручик Дмитрий Иванович Кошелев, а также, для большей представительности посольства в качестве почетного караула при посланнике, семь человек рядовых, собою видных солдат, с унтер-офицером и барабанщиком. Они находились под командой капитана Федорова.

26-го августа 1804 года, оставив Петропавловскую гавань, Надежда вышла в открытое море, держа курс к югу, по направлению к Японским берегам.