По прибытии в Петропавловск Резанов вызвал к себе камчатского коменданта Павла Ивановича Кошелева и потребовал суда над Крузенштерном. Подобного рода дела, конечно, не были прерогативой камчатского коменданта, который тем не менее должен был как-то реагировать на требования Резанова. Однако генерал-майор Кошелев не стушевался перед высоким царским сановником и столь разумно, и спокойно провел расследование всех обстоятельств дела, что сумел примирить конфликтующие стороны.

В 1877 году историк, капитан первого ранга А. Сгибнев, используя записи Резанова, вкратце изложил его версию этого примирения: «Как не старался Крузенштерн оправдать свои поступки, но когда дело дошло до очных ставок и намерения Кошелева отрешить его от командования судном, он сознался в своей виновности и просил Кошелева принять на себя посредничество в примирении с Рязановым. Кошелев, будучи и сам поставлен этим делом в неприятное положение, с готовностью принял на себя роль примирителя, и успел в этом. Рязанов согласился забыть все прошлое, но с тем непременным условием, чтобы Крузенштерн и все остальные офицеры, оскорбившие посланника, извинились перед ним в присутствии Кошелева. Крузенштерн согласился и на это предложение. 8 августа 1804 года командир корабля «Надежда» и все офицеры явились в квартиру Резанова в полной форме и извинились в своих проступках».

Любопытно, что ни в дневниках и письмах участников экспедиции, ни в письмах Кошелева, ни в записках служащих РАК, сопровождавших Резанова, о покаянии Крузенштерна нет ни слова. Зато существует письмо Крузенштерна Президенту Академии наук Н.Н. Новосильцеву, в котором рассказывается о его злоключениях на Камчатке: «Его превосходительство господин Резанов, в присутствии областного коменданта и более 10-ти офицеров, называл меня бунтовщиком, разбойником, казнь определил мне на ешафоте, другим угрожал вечною ссылкою в Камчатку. Признаюсь, я боялся. Как бы Государь не был справедлив, но, будучи от него в 13000-х верстах, — всего от г. Резанова ожидать мог, ежели бы и областной командир взял сторону его. Но нет, сие не есть правило честного Кошелева, он не брал ни которую. Единым лишь своим присутствием, благоразумием, справедливостью — доставил мне свободное дыхание, и я уже был уверен, что не ввергнусь в самовластие г. Резанова. После вышеупомянутых ругательств, которые повторить даже больно, отдавал я ему шпагу. Г. Резанов не принял ее. Я просил чтоб сковать меня в железы и как он говорит, «яко криминальнаго преступника» отослать для суда в С.-Петербург. Я письменно представлял ему, что уже такого рода люди, как назвал он меня, — государевым кораблем командовать не могут. Он ничего сего слышать не хотел, говорил, что едет в С.-Петербург для присылки из Сената судей, а я чтоб тлел на Камчатке; но когда и областной комендант представил ему, что мое требование справедливо, и что я (не) должен быть сменен тогда переменилась сцена. Он пожелал со мною мириться и идти в Японию.

Сначала с презрением отвергнул я предложение его; но, сообразив обстоятельства, согласился… Экспедиция сия есть первое предприятие сего рода Россиян; должна-ли бы она рушиться от несогласия двух частных (лиц)?.. Пусть виноват кто бы такой из нас не был, но вина обратилась бы на лицо всей России. И так, имев сии побудительные причины, и имея свидетелем ко всему произошедшему его превосходительства Павла Ивановича (Кошелева), хотя против чувств моих, согласился помириться; но с тем, чтоб он при всех просил у меня прощения, чтоб в оправдание мое испросил у Государя прощение, что обнес меня невинно. — Я должен был требовать сего, ибо обида сия касалась не до одного меня, а пала на лицо всех офицеров и к безчестию флага, под которым имеем честь служить. Резанов был на все согласен, даже просил меня написать все, что только мне угодно: он все подпишет. Конечно, он знал сердце мое, он знал, что я не возьму того письменно, в чем он клялся в присутствии многих своей честью. На сих условиях я помирился…»

Как ни странно, пребывание на Камчатке довольно скупо отражено в дневнике Ратманова. Не уделил он внимания и «следствию», возбужденному по требованию Резанова. А ведь в списке «бунтовщиков» и притеснителей Резанова Ратманов числился одним из первых и, казалось бы, должен был волноваться за свое будущее.

Думается, что Ратманов, да и другие офицеры попросту сочли события, происходившие на Камчатке, неважными, а потуги Резанова учинить над моряками суд — ничтожными. Они знали, что за ними стоит мощная, влиятельная организация, с высокопоставленными лицами при дворе, которым симпатизирует император Александр, и что в обиду их не дадут.

Россия в XIX веке была достаточно военизированной страной, и любой офицер казался гораздо ближе императору, чем гражданский человек, пусть даже и камергер. Офицерство являлось основной опорой государя. Поэтому представить себе суд над Крузенштерном — офицером, который впервые совершил такое плавание, было невозможно. У Резанова же, видимо, хватило благоразумия не продолжать конфликт, выйти из которого победителем у него не было никаких шансов. Конфликт казался исчерпанным, стороны примирились.

Простояв шесть недель в Петропавловской гавани, «Надежда» покинула Камчатку и направилась в Японию. 15 сентября участники экспедиции праздновали день коронации императора Александра I. По этому случаю Резанов выступил с речью и раздал всем членам экипажа медали, на которых с одной стороны было изображение императора, а на другой надпись: «Залог блаженства всех и каждого — Закон». В дневнике Ратманова приведена копия той торжественной речи. Воспроизводить ее целиком нет необходимости, несколько начальных строк дают определенное представление о ее авторе: «Россияне! Обошед вселенную видим мы себя наконец в водах Японских! Любовь к отечеству, искусство, мужество, презрение опасностей суть черты изображающие российских мореходов; суть добродетели всем россиянам в общем свойственные. Вам опытные путеводцы принадлежит и теперь благодарность соотчичей! Вы стежали уже ту славу, которой и самый завистливый свет никогда лишить вас не в силах. Вам достойные сотрудники мои, предлежит совершение другого достохвального подвига и открытие новых источников богатства. А Вы! Неустрашимые чада морских ополчений, восхищайтесь успехами ревностного вашего содействия. Соединим сердца и души наши ко исполнению воли монарха, пославшего нас, монарха столь праведно нами обожаемого, что мы давно уже их съединили…»

Вблизи Японских островов путешественники испытали жесточайший шторм, при котором ртуть в барометре вообще была не видна. 8 октября 1804 года «Надежда» встала на якорь в гавани Нагасаки, и там русские моряки узнали, что во время испытанного ими шторма было землетрясение, то есть скорее всего «Надежда» попала в зону цунами. В порту на борт сразу прибыли японские вельможи и голландский посланник.

Японцы потребовали сдать все оружие, находящееся на корабле, лишь Резанову оставили шпагу. Русским морякам не только не разрешили сходить на берег, но даже запретили плавать по заливу. В начале XIX века Япония оставалась совершенно закрытым государством, не идущим ни на какие контакты с внешним миром. Все попытки европейских стран установить отношения с Японией были тщетны. Лишь голландцам удалось как-то закрепиться в этой стране и наладить весьма незначительную торговлю.

В 1793 году русская экспедиция под началом Адама Лаксмана смогла договориться с японским правительством о некоторых уступках — одному русскому кораблю дозволялось зайти в гавань города Нагасаки. Этот успех Лаксмана и предстояло развить миссии Резанова. Восточная торговля всегда привлекала Россию, а морское министерство было весьма заинтересовано в возможности захода русских кораблей в японские порты. Однако миссия Резанова потерпела фиаско — полгода посольство жило на клочке японского берега, огороженном глухим забором, после чего японцы отказались от каких бы то ни было переговоров, не приняли подарков русского императора и передали Резанову грамоту, в которой российским судам запрещалось даже приближаться к берегам Японии.

В одном из своих писем Ратманов так охарактеризовал «дипломатические усилия» российского посланника: «...фарсы господина действительного камергера Резанова то наделали, что мы потеряли те права, которые были в 793м году Лаксманом получены».

18 апреля «Надежда» оставила Нагасаки и пошла Японским морем, где путешественники, не приставая к берегам, описывали по пути острова, заливы и мысы. О дальнейших действиях экспедиции Ратманов пишет: « ...дошед до мыса Терпения острова Сахалина далее следовать не позволили большие льды, а как посол хотел скоро отправиться в С.Петербург, для чего и пришли в Гавань Св. Петра и Павла 23 мая, где нашли казенный транспорт и Американской компании судно — Господин действительный Камергер Резанов, получа здесь депеши, переменил намерение, что для нас не новое, и к тому уже мы зделали большую привычку — а 13 июня на компанейском судне отправился на Кодьяк, с нами распрощавшись вовсе. Не думаю, чтобы о сей разлуке кто-либо из нас надел траур. Мы ходили окончать… опись и сюда возвратились 17-го августа, куда прибыл и казенный транспорт из Охотска, чрез которой получены депеши, и к удовлетворению нашему, капитан наш Крузенштерн Всемилостивейше пожалован Орденом Св. Анны 2-ой степени…»

9 октября «Надежда» отбыла с Камчатки — ей предстояло пересечь Индийский океан и, обогнув Африку, вернуться в Россию. Обратное плавание было относительно благополучным и бесконфликтным, хотя его в немалой степени омрачило неожиданное самоубийство в районе острова Св. Елены второго лейтенанта судна Петра Головачева. В качестве непосредственной причины этой трагедии Ратманов называет информацию об объявлении войны России с наполеоновской Францией — Головачев, являвшийся поклонником французской культуры и Наполеона, не представлял себе возможности оставаться офицером боевого корабля, перед которым была поставлена задача топить французские суда. Такова трактовка Ратманова, которую он сам не счел нужным каким-либо образом доказывать. На решении Головачева свести счеты с жизнью, возможно, сказалась его особая позиция в конфликте Крузенштерна с Резановым. Головачев был практически единственным офицером «Надежды», поддерживавшим камергера. Нельзя также сбрасывать со счетов громадную усталость всех членов экспедиции, которая, кстати, проявилась в последних дневниковых записях самого Ратманова, сделанных им при подходе к Кронштадту, они выглядят бессвязными и свидетельствуют о его крайнем нервном истощении. 19 августа 1806 года «Надежда» бросила якорь в Кронштадтском порту. Двумя неделями раньше из похода вернулась «Нева». Первое русское кругосветное плавание, длившееся 3 года, благополучно завершилось. Оба судна посетил император, а 27 августа он принял в своей резиденции на Каменном острове И.Ф. Крузенштерна, уже награжденного к тому времени орденом Святого Владимира III степени.

Основываясь на материалах Ратманова, можно с уверенностью сказать, что экспедиция достигла успеха именно благодаря действиям Крузенштерна, который как капитан отвечал за выполнение задания и безопасность людей. И то, и другое было бы под угрозой, если бы вся полнота власти перешла в руки Резанова, человека, просто не способного возглавить морскую экспедицию.

Крузенштерн Иван Федорович (1770—1846)
Один из крупнейших русских мореплавателей, адмирал, член-учредитель Русского географического общества. Его деятельность с момента поступления в Морской кадетский корпус и до самой кончины была связана с морем. Главным делом жизни И.Ф. Крузенштерна стала первая русская кругосветная экспедиция, научные результаты которой заложили основы новой отрасли знаний — океанографии. Возглавив в 1827 году Морской кадетский корпус, Крузенштерн вывел его в ряд лучших учебных заведений страны, из этих стен вышла целая плеяда русских моряков и исследователей. По свидетельству современников, это был необыкновенно приветливый, справедливый и обаятельный человек, о гуманности и вежливости которого ходили анекдоты.
 
Резанов Николай Петрович (1764—1807)
Действительный статский советник, камергер, член Правления Российско-американской компании. Искусный царедворец, пользовавшийся расположением весьма влиятельных лиц государства, он сделал блестящую карьеру благодаря женитьбе на дочери Г.И. Шелихова и высокому покровительству Г.Р. Державина. Получил широкую известность, совершив плавание на кораблях первой русской кругосветной экспедиции и вояж в Русскую Америку и Калифорнию. Изворотливость Резанова, умение интриговать и заводить нужные знакомства составили ему крайне противоречивую репутацию.
 
Ратманов Макар Иванович (1772—1833)
Видный российский морской офицер, вице-адмирал. Более 40 лет безупречной и доблестной службы в военном флоте принесли Ратманову заслуженную славу и авторитет опытнейшего мореплавателя и военачальника. Считая, что нужно дать дорогу молодым, он уступил Ф.Ф. Беллинсгаузену должность главы экспедиции, которой суждено было открыть Антарктиду. Из воспоминаний современников Ратманова возникает образ храброго, предприимчивого в сражениях и скромного, молчаливого и даже замкнутого в общении человека, не склонного рассказывать о тех значимых событиях, в которых он принимал самое деятельное участие.