12 апреля 1861 года, в Чарльстоне, Южная Каролина, выпускник Вест-Пойнта и одно время – начальник этой академии, генерал армии Конфедеративных Штатов Америки П. Г. T. Борегар приказал своим канонирам открыть огонь по форту Самтер. Одним из первых дернул за спусковой шнур Уэйд Хэмптон Гиббс, окончивший то же учебное заведение год назад. Комендантом форта Самтер был майор армии США Роберт Андерсон, выпускник Академии, когда-то преподававший в Вест-Пойнте кадету  Борегару артиллеристскую науку.

Военная Академия Соединенных Штатов, как и все другие учреждения Америки была расколота гражданской войной. Она раскололась последней. После съезда Демократической партии в 1860 году Академия оставалась в Соединенных Штатах единственным, по-настоящему национальным институтом. В этом нет ничего удивительного, поскольку «Национальная Академия» постоянно пыталась изжить из своих кадетов секционные предубеждения и способствовала зарождению в них национальных чувств. Уже в 1824 году Попечительский совет отмечал, что «кадеты, прибывающие из разных частей страны делают многое … для искоренения местных предрассудков и секционных антипатий».  Пять лет спустя военный министр Джон Г. Итон сообщал президенту Эндрю Джексону, что Академию «можно считать одной из сильнейших уз, связывающих наш Союз». Кадеты чувствовали себя обязанными Федеральному правительству за возможность получить образование, как сказал в речи, произнесённой Четвертого июля 1829 года выпускник Джозеф Ритнер: «Все мы дети Союза, и если какая-то часть его решит поднять мятеж и распространить пожарища, панику и беспорядки на всю нашу священную землю, то будьте уверены, что в лице армии наша страна получит твёрдую и  самоотверженную поддержку.»

В Академии всех кадетов, независимо от социального или секционного происхождения, чувство солидарности с другими представителями непопулярной и даже – презираемой профессии, объединяло намного больше, чем обычные узы выпускников одного учебного заведения. Вест-Пойнт был достаточно тесен, чтобы позволить каждому своему кадету знать имена и репутацию своих предшественников по Академии. В армии кадеты, или выпускники Вест-Пойнта были оторваны от мира, и среди их друзей в основном были люди, тоже прошедшие через Академию. Результатом этого стало чувство товарищества более сильное, чем среди выпускников других учебных заведений, и преодолевшее почти все социальные, религиозные, и политические различия. Дружба, зародившаяся в Вест-Пойнте, продолжалась и во время Гражданской войны. Всем известен поступок Гранта, отправившего на ту сторону траншей под Питерсбергом Джорджу Пикетту поздравления с рождением ребёнка. И все помнят, как во время перемирия после Фредериксберга, Кастер написал своему однокурснику Пэлхему: «Дорогой Пэлхем, я радуюсь твоим успехам». Это произошло после того, как под Фредериксбергом орудия Пэлхема поработали настолько хорошо, что Ли назвал его «храбрым Пэлхемом».

Власти делали всё, что было в их силах, чтобы не позволить политике расколоть кадетский корпус.^[1]  В сороковые годы начальник Академии Ричард Делафилд на один год распустил Диалектическое Общество за то, что оно обсуждало темы, подобные вопросу: «Имеет ли штат право при случае аннулировать постановление Конгресса?» Когда он разрешил возобновить его деятельность, то составил список не обсуждаемых тем. Однако кадетский корпус представлял все части страны, и в пятидесятых годах, когда закипели политические страсти, приметы раскола стали заметны и в Академии. Стали частыми дебаты, особенно во время избирательных кампаний. После рейда Джона Брауна на Харперс-Ферри в 1859 году состоялось несколько горячих обсуждений, и как минимум одна дуэль. Кадет из Джорджии Пирс М.Б. Янг вывесил из окна своей казармы фотографию Джона Брауна на виселице. В речи Четвертого июля 1860 года выпускник Уильям У. Мак-Крири осудил подобные выходки, заявил, что «благородный Союз» не распадётся и заключил: «Давайте убережём себя от семян секционной борьбы и стянем крепче узы этого великолепного союза.» Через два года лейтенант Мак-Крири подаст в отставку из армии и присоединится к вооруженным силам своей родной Виргинии. Он погиб в Геттисбергском сражении.

В сентябре 1860 года неизвестная группа кадетов провела в корпусе «выборы президента». Проголосовало 214 из 278 кадетов, 99 из них отдали голос за южного демократа Джона К. Брекинриджа, 47 – за северного демократа Стивена А. Дугласа, 44 – за кандидата от Конституционных Юнионистов Джона Белла, и 24 – за республиканца Авраама Линкольна. Результаты «выборов» вызвали среди южан ликование, а среди северян – ярость. Старшекурсник из Нью-Йорка Эмори Аптон утверждал, что южане не допустили северян к голосованию, все агитаторы были с Юга, поэтому северяне признали произошедшее южным прожектом.

Окончательный раскол в корпусе произошёл спустя два месяца, когда ушёл в отставку, чтобы присоединиться к войскам своего родного штата, первый южный кадет. Генри С. Фэрли, «пожиратель огня» по политическим пристрастиям и с соответствующими рыжими волосами, покинул Академию 19 ноября, за месяц и один день до того, как штат Южная Каролина покинул Союз. Спустя четыре дня после отъезда Фэрли подал в отставку другой кадет из Южной Каролины – Джеймс Гамильтон. В декабре из Академии ушли оставшиеся южнокаролинцы, три миссисипца и два алабамца.  Одним из алабамцев был старшекурсник Чарльз П. Болл, старший сержант роты А и кандидат на место капитана кадетского корпуса. Болл был одним из самых популярных кадетов. Когда он собрался уезжать, то, следуя старой традиции, собрал своих сокурсников  в столовой и сказал слова прощания. Однокурсник вспоминал, что, когда он произнёс: «Батальон, внимание! Прощайте, парни, и да благословит вас Господь!», его голос был ясен и крепок. Потом сокурсники подняли его на плечи и отнесли на пристань.

Отставка большинству южных кадетов, даже тем, кто не сомневался в правильности сецессии, давалась тяжело. Пирс Янг, кадет выпускного курса из Джорджии, после того, как его штат вышел из Союза, сказал своим родителям: «Вы не понимаете, каких жертв требует отставка». Он сказал им, что «мне тяжело отказаться от диплома  величайшего  института мира в тот момент, когда этот диплом практически в моих руках. Вы знаете, что этот диплом дал бы мне превосходство над другими в любой профессии.» Его задело то, что в войсках Джорджии ему предлагалось звание младшего лейтенанта. «Мысль о том, что я буду младшим лейтенантом, тогда как через год мне бы передоложили ту же позицию в самой аристократической и высокопрофессиональной армии мира, кажется мне жестокой». Отец посоветовал сыну остаться в Вест-Пойнте, окончить обучение и уже потом подать в отставку и вступить в армию Конфедерации. Янг собрался последовать этому совету, но тут началась война, он не смог больше ждать и покинул академию.

Некоторое время в разгар сецессионного кризиса начальником академии был южанин, капитан П.Г.Т. Борегар. Он сменил Делафилда 23 января 1861 года. День-два спустя, кадет-земляк из Луизианы спросил его, правда ли то, что он собирается подавать в отставку. Начальник академии ответил ему: «Посмотрите на меня: когда я прыгну, прыгните и вы. Но зачем нам прыгать слишком рано?» Как только до военного министра Джозефа Хольта дошли слухи о намерении Борегара покинуть армию, когда Луизиана выйдет из Союза, он уволил его, и 28 января Делафилд в третий раз стал начальником Академии. Он прослужил на этом посту шесть недель, пока его не сменил Александр Г. Боуман.

До второй недели апреля, большая часть внимания в Вест-Пойнте уделялось южным кадетам, и каждый гадал кто из них уйдет, а кто останется. Возможно, для того, чтобы скрыть свои собственные  сомнения и предчувствия, южане имели привычку часто объявлять свои взгляды вслух, предполагая, что большинство (если не все) офицеров и кадетов согласится с ними. Почти повсеместно на Юге была популярна мысль о том, что армия и Вест-Пойнт имели прорабовладельческие симпатии.  В феврале 1861 года преподаватель Академии, лейтенант Оливер О. Ховард получил приглашение из Северной Каролины на должность профессора, которое заканчивалось словами: «Я полагаю, что Вы, как офицер армии, не считаете, что особенный институт является нежелательным в Южном обществе». Когда лейтенант Александр Мак-Кук принял командование полком Огайских добровольцев, офицер из Кентукки сказал в присутствии Мак-Кука: «Человек из Вест-Пойнта, принимающий командование добровольцами, воюющими с Югом, забыл о понятии чести.»

Бомбардировка форта Самтер изменила все. Северные кадеты, которые были равнодушны к сецессии или даже сочувствовали ей, поняли, что оказалось под угрозой. Из уст в уста передавалось объявление о планируемой встрече, и в ту же ночь северные кадеты собрались в комнате Уильяма Харриса и исполнили «Звёздно-полосатое знамя» так, что эту песню было слышно на другой стороне реки. Моррис Шафф вспоминал: «Это был первый раз, когда я видел южный контингент Академии испуганным.» Все северные союзники покинули их, и они были ошеломлены. На следующий день все профессора, включая виргинца Денниса Х. Мэхэна, произнесли патриотические речи, а доктор Джон Френч пообещал передать все деньги, которые у него были, на пополнение государственной казны. Несколько дней спустя Академию посетил офицер, защищавший форт Самтер, и был встречен с восторгом.  

К этому времени южане уезжали почти каждый день, включая двух преподавателей, лейтенантов Фитцхью Ли и Чарльза У. Филда. Но старые связи были все еще крепки: один кадет позже вспоминал, что «между солдатами из разных частей страны не было никаких выражений злости, только выражения горя и разочарования». Это было особенно верно в случае Ли, который, подобно его знаменитому дяде, с большим сожалением уехал только после того, как вышла из Союза его родная Виргиния. Большой, веселый, улыбчивый человек, который во время учебы из-за своих проделок несколько раз находился на грани исключения, Фитц Ли, вероятно был самым популярным офицером в Академии. В ночь его отъезда дежурные офицеры устроили ему проводы, а наутро, когда он выходил из Академии, весь кадетский корпус приветствовал его, выстроившись вдоль казарм с шляпами в руках.